Bernard Kanovitch est membre du Comité directeur du Conseil représentatif des institutions juives de France (CRIF), président de la Commission du CRIF, chargé des relations avec les Musulmans.
Il a publié, en 2003, un livre avec Dalil Boubakeur, le Recteur de la Mosquée de Paris, L'appel au dialogue. Professeur de médecine, membre du Comité d'éthique, il a écrit de nombreux articles dans ce domaine et participé à la rédaction de l'ouvrage collectif Religions monothéistes et Greffes d'organes (L'harmattan).